1497年6月,教皇开启了离婚议程,卢克雷齐娅即远离罗马避入圣西斯托修道院(the convent of San Sisto)等待与第一任丈夫离婚的结果,期间只有佩洛托·卡德隆(Perotto Calderon)作为信使负责与外界联络。1498年2月,佩洛托·卡德隆和一个女仆潘塔斯拉的尸体在台伯河中被发现。1498年3月,费雷拉塞大使报告卢克雷齐娅已经分娩。虽然这件事情被否认,但的确有一个孩子在那年出生了,在卢克雷齐娅嫁给她的第二任丈夫之前。这个孩子被起名为乔瓦尼·波吉亚(Giovanni Borgia),史学家称之为“罗马之子” [4] 。关于教会、关于这个孩子、乔瓦尼·波吉亚的谣言产生了。一开始,他被认作是恺撒的孩子。后来的说法又和第一个说话相矛盾,他又被认作教皇亚历山大六世秘密的孩子。而卢克雷齐娅的名字没有在任何一个说法中被提起,关于她是这个孩子的母亲的说法也从来没有被证实。其真实性至今仍在争辩之中,但是人们普遍相信,在修道院,她和自己父亲的信使佩洛托·卡尔德隆有染并怀了孕。佩洛托是一名年轻英俊的西班牙人,也是教皇的宠儿,人们在台伯河里发现了他,谋杀的时间,正是传说中卢克雷齐娅生产的前后。1502年,恺撒征服了卡梅里诺(Camerino)后不久,乔瓦尼·波吉亚作为罗马尼阿公爵的长子继承了卡梅里诺,成为卡梅里诺公爵(1501年,恺撒为罗马尼阿公爵)。然而,亚历山大六世去世后不久,乔瓦尼前往费拉拉(Ferrara)和卢克雷齐娅一同生活时,在那里他又被人们接受为卢克雷齐娅同父异母的弟弟。虽然有多样化的谣言及前后矛盾的事实,但是更多人相信这个孩子的父亲是恺撒。那时恺撒还是枢机主教,如果他和妹妹有不正当性关系,这个消息一定会被知情人极力隐瞒,尤其是他们的教皇父亲。
谋害兄弟的故事
1497年6月14日,恺撒的兄弟胡安被谋杀了,尸体被扔在台伯河中。在当时,恺撒并不被看成嫌犯,但在纪年史中他被指为凶手,因为恺撒似乎是整件事情的最大获益者。据说谋杀调查突告终止,就是因为教皇要为恺撒洗清罪责。但更符合逻辑的是波吉亚确信主谋是奥西尼家族(罗马最显赫的世袭贵族),他们决心复仇,而非调查起诉。不论是不是恺撒主导了这一次的刺杀,无庸置疑的,胡安的死让恺撒得以踏上他期盼已久的征伐之路。关于这个刺杀事件还有另一种的解释,整件事情是始自一个女人,拿波里的公主桑夏(Sancha of Aragon)是恺撒的幺弟杰弗里的妻子,据说同时也是恺撒和胡安两兄弟的情妇,由于忌妒和争风吃醋因而导致了这个血腥的结果。(另外,关于胡安的死也有杰弗里才是主谋一说,因为桑夏的特殊关系,杰弗里和胡安公开对立。)
谋杀姻亲的故事
1498年,恺撒在见到卢克雷齐娅的第二任丈夫拿波里的王子阿方索·阿拉贡(Alfonso of Aragon)第一面之后,非常满意他英俊的外貌和良好的性格。事实上,阿方索在这些方面远近闻名,有着良好的名声,有许多确切的证据表明,卢克雷齐娅与阿方索真心相爱。据说恺撒的喜爱在卢克雷齐娅恋爱之后,很快转变成了嫉妒和仇恨,认为阿方索代替了自己在妹妹心中的位置,夺去了妹妹的喜爱。再之,恺撒因梅毒容貌遭毁,即使是在痊愈之后依然留下疤痕,这令他非常在意,由此,他更加憎恨阿方索。一次阿方索拜访罗马时,恺撒的侍从在晚上袭击了他。作为报复,阿方索的侍从也趁恺撒在花园里踱步的时候向他射箭,这大大激怒了恺撒。很快家族结束了卢克雷齐娅的幸福,拿波里的卡塔洛拒绝嫁给恺撒,而法兰西国王许给恺撒一位公主。随着政局形式的变化,波吉亚家族希望和法国结盟,于是,卢克雷齐娅的婚姻成为了结盟的巨大障碍。阿方索隐隐感到自己的下场,逃离了罗马,但是卢克雷齐娅很快找到了自己的丈夫并一同返回罗马。约拿·布卡杜斯,亚历山大六世的典礼官,在他的日记中,简要记载了紧跟着年轻人返回所发生的灾难。他写道,1500年7月15日晚上十点,阿方索在圣彼得宫的台阶上遇刺,袭击者随后与四十个骑马者逃走。他勉强还活着。一个月后,8月18日,据说阿方索在恢复的时候,恺撒来到他的房间在他身边耳语道:“早餐时刻不被终结的将会在晚餐之前干掉。”那一天稍晚的时刻,恺撒便指使刺客米凯莱托(Micheletto Corella)在恢复室里扼死了正在恢复伤情的阿方索,卢克雷齐娅年轻的丈夫。